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Lima, D. F. C. (2018).《Unraveling the evolutionary history of livestock dog breeds》。硕士学位论文，波尔图大学 · PDF · 2.5 MB
这项研究之所以格外可贵，正因为它并非为研究 PLE 而设计。其课题是畜牧护卫犬与牧羊犬的演化史；Spanish Wolfdog 只是所分析的十五个伊比利亚品种之一。一支葡萄牙团队，使用不同的标记，且对 lobero 的事业毫无利害关系，却把 PLE 放在与西班牙各项研究完全一致的位置上——这就是独立的交叉验证：科学所能提供的最坚实的东西。
有必要厘清其适用范围：高密度基因组分析（逾 170,000 个 SNP）仅用于 24 个欧亚护卫犬品种。西班牙狼犬作为牧羊犬，是与其他伊比利亚品种一同，用 43 个常染色体微卫星加以分析的。因此，本研究中 PLE 的数据来自微卫星，而非 SNP 芯片。
以微卫星分析的伊比利亚组群，涵盖葡萄牙与西班牙的十五个护卫与牧羊品种：Cão de Castro Laboreiro、Serra da Estrela、Cão de Gado Transmontano、Rafeiro do Alentejo、Mastín Español、Mastín del Pirineo、Montaña del Pirineo、Cão da Serra de Aires、Barbado da Terceira、Cão de Fila de São Miguel、Cão de Água Português、Pastor Vasco、Carea Leonés、Can de Palleiro，以及 Spanish Wolfdog——即西班牙狼犬。
有一点常被误读，值得强调：本研究并未纳入德国牧羊犬，也未纳入捷克斯洛伐克狼犬。其比较框架完全是伊比利亚与欧亚的工作犬。因此，它并未——也无意——提供 PLE 与这两个品种的直接比较。那样的比较，见于 Doadrio（2014）与 Villegas（2017–2019）的研究。
这是本研究最引人注目的发现。在贝叶斯 STRUCTURE 分析中，部分 Carea Leonés 个体并未与本品种的其他犬只聚为一类，而是与西班牙狼犬同属一个类群。这是半岛西北部工作犬之间共享的遗传背景，而发现它的团队原本并未寻找它。
以 43 个微卫星计，PLE 的预期杂合度为 0.67（观测值 0.63），处于所分析伊比利亚牧羊犬的中上区间——该区间自 0.63（Cão da Serra de Aires）至 0.69（Carea Leonés）。这是一个已然确立且多样的族群应有的数值：全无那种能暴露晚近培育品种的遗传贫化迹象。
现代品种与复原品种呈现较低的多样性与封闭的类群。伊比利亚的功能性族群——包括 PLE——则呈现梯度、历史上的交叠与高度的变异。这是不同的实况，需要不同的分析框架。
对证据边界的坦诚，正是其可信之处。在本研究中，西班牙狼犬仅由十三只个体代表：样本偏小，足以把该族群定位于伊比利亚的遗传图谱之上，却不足以细致描述其内部结构。此外，其杂合度数值不可与 Doadrio（2014）或 Villegas（2019）直接比较，因为所用标记组合不同——此处为 43 个微卫星，而 ISAG 组合为 18 个——每套组合各有其数值。
这项研究确实证实的一点——而且并非小事——是：PLE 的表现一如伊比利亚的其他族群，与其所在地域的工作犬相亲缘，并无晚近培育的迹象。不多，也不少。
该论文明确提出：伊比利亚的犬类族群无法以中欧的犬种模型来解读。PLE 的隔离是功能性与地理性的，而非审美性的。历史上的基因交流确曾存在，但发生在一个自洽的区域框架之内。
这在科学上确立了 PLE 作为本土族群的正当性，它既非「人造品种」，也非德国牧羊犬的衍生物。问题不在于 PLE 无法纳入 FCI 的模型，而在于该模型本来就不是为 PLE 这样的实况而设计的。
研究 03 · LIMA 2018
PLE 归入伊比利亚连续谱系，并与部分 Carea Leonés 同属一个类群。
三支不同的团队，三套不同的标记组合，彼此并无共同的利害——却得出同一个结果。西班牙狼犬是一支古老的功能性族群，遗传多样，有别于现代狼型犬种，并自然地融入伊比利亚朴实工作犬的体系之中。当原本并非为求一致而设计的研究竟然彼此一致时，这在科学上有一个名称：证据的趋同。