Исследование 03 · Университет Порту · 2018

Работа Лимы
Университет Порту

Исходный документ

Lima, D. F. C. (2018). Unraveling the evolutionary history of livestock dog breeds. Магистерская работа, Universidade do Porto · PDF · 2,5 МБ

⬇ Скачать PDF
Карточка исследования

Независимое подтверждение
из Португалии

АвторDiogo Filipe Coutinho Lima
Научный руководительRaquel Godinho (CIBIO-InBio / Universidade do Porto)
СоруководителиIgnacio Doadrio (CSIC) и Pedro Silva (CIBIO-InBio)
УчреждениеFaculdade de Ciências, Universidade do Porto (FCUP) — CIBIO-InBio
Год2018
ТипМагистерская работа — Mestrado em Biodiversidade, Genética e Evolução
Основная темаЭволюционная история пастушьих и охранных собак при скоте (Иберия и Евразия)
Маркеры (PLE здесь)43 аутосомных микросателлита и 6 с Y-хромосомы — 294 собаки из 15 иберийских пород
Маркеры (только охранные собаки)Чип Illumina CanineHD, свыше 170 000 SNP — 24 евразийские охранные породы
Образцы PLE13 особей (Spanish Wolfdog)
АнализыГенетическое разнообразие, STRUCTURE, сети гаплотипов, генетические дистанции (FST)

Это исследование особенно ценно именно потому, что не создавалось для изучения PLE. Его предмет — эволюционная история пастушьих и охранных собак при скоте; Spanish Wolfdog — лишь одна из пятнадцати проанализированных иберийских пород. То, что португальская группа, с иными маркерами и без всякого интереса к делу lobero, помещает PLE ровно туда же, куда её помещают испанские исследования, — это независимая перекрёстная проверка: самое надёжное, что может предложить наука.

Стоит уточнить охват: геномный анализ высокой плотности (свыше 170 000 SNP) применялся только к 24 евразийским охранным породам. Испанская волчья собака как пастушья была проанализирована с помощью 43 аутосомных микросателлитов, вместе с остальными иберийскими породами. Данные о PLE в этом исследовании происходят, таким образом, из микросателлитов, а не с SNP-чипа.

Проанализированные породы

Иберийский блок, изученный с помощью микросателлитов, объединяет пятнадцать охранных и пастушьих пород, португальских и испанских: Cão de Castro Laboreiro, Serra da Estrela, Cão de Gado Transmontano, Rafeiro do Alentejo, Mastín Español, Mastín del Pirineo, Montaña del Pirineo, Cão da Serra de Aires, Barbado da Terceira, Cão de Fila de São Miguel, Cão de Água Português, Pastor Vasco, Carea Leonés, Can de Palleiro и Spanish Wolfdog — испанская волчья собака.

Следует подчеркнуть момент, который часто толкуют превратно: в это исследование не включены ни немецкая овчарка, ни чехословацкая волчья собака. Его рамка сравнения — целиком иберийские и евразийские рабочие собаки. Поэтому оно не даёт — и не претендует давать — прямого сравнения PLE с этими двумя породами. Такое сравнение дают исследования Доадрио (2014) и Вильегас (2017–2019).

Ключевые результаты

PLE и Carea Leonés в одном кластере

Это самая яркая находка работы. В байесовском анализе STRUCTURE часть особей Carea Leonés группируется не с остальными собаками своей породы, а в одном кластере с испанской волчьей собакой. Общий генетический фон у рабочих собак северо-запада полуострова, обнаруженный группой, которая его не искала.

Нормальное разнообразие, без «бутылочного горлышка»

С 43 микросателлитами PLE показывает ожидаемую гетерозиготность 0,67 (наблюдаемая 0,63) — в средне-высокой полосе среди проанализированных иберийских пастушьих собак, диапазон которых идёт от 0,63 (Cão da Serra de Aires) до 0,69 (Carea Leonés). Это значения устоявшейся и разнообразной популяции: нет и следа генетического обеднения, выдающего породы недавнего создания.

Иберийская модель против центральноевропейской

Современные и восстановленные породы показывают меньшее разнообразие и замкнутые кластеры. Иберийские функциональные популяции — включая PLE — показывают градиенты, исторические перекрытия и высокую изменчивость. Это разные реальности, требующие разных рамок анализа.

Чего это исследование не позволяет утверждать

Честность в отношении границ доказательств и делает их убедительными. В этой работе испанская волчья собака представлена тринадцатью особями: небольшая выборка, достаточная, чтобы поместить популяцию на иберийскую генетическую карту, но недостаточная, чтобы детально описать её внутреннюю структуру. Кроме того, значения гетерозиготности не сопоставимы напрямую с данными Доадрио (2014) или Вильегас (2019), поскольку панели маркеров различны — здесь 43 микросателлита против 18 в панели ISAG — и каждая панель даёт свои цифры.

Что это исследование действительно удостоверяет — и это немало, — так это то, что PLE ведёт себя как ещё одна иберийская популяция, родственная рабочим собакам своей местности, без признаков недавнего создания. Не больше и не меньше.

Самый значимый концептуальный вклад

Работа прямо утверждает, что иберийские популяции собак нельзя истолковывать с помощью центральноевропейской модели породы. Изоляция PLE функциональная и географическая, а не эстетическая. Исторический поток генов существовал, но в пределах связной региональной рамки.

Это научно узаконивает PLE как местную популяцию, а не как «искусственную породу» или производное немецкой овчарки. Проблема не в том, что PLE не вписывается в модель FCI: сама эта модель не создавалась для реальностей вроде PLE.

Три исследования: перекрёстная проверка

ИССЛЕДОВАНИЕ 01 · ДОАДРИО 2014

PLE отделяется от немецкой овчарки.

ИССЛЕДОВАНИЕ 02 · ВИЛЬЕГАС 2019

У PLE высокое генетическое разнообразие, и она образует собственный иберийский кластер.

ИССЛЕДОВАНИЕ 03 · ЛИМА 2018

PLE вписывается в иберийский континуум и разделяет кластер с частью Carea Leonés.

Три разные группы, три разные панели маркеров, никакого общего интереса — и один и тот же результат. Испанская волчья собака — это древняя функциональная популяция, генетически разнообразная, отличная от современных волкообразных пород и естественно встроенная в иберийскую систему простых рабочих собак. Когда исследования, не задуманные совпадать, совпадают, в науке у этого есть имя: конвергенция доказательств.